An Bord des Sanners ist die Software My Image Garden für die Navigation. Sie bietet unter anderem Texterkennung und eine Funktion zur PDF-Generierung. Mit der Scan-to-Cloud-Funktion von Canon lassen sich Scans in einen Evernote oder Dropbox Cloud-Service transferieren. Die Funktion Stitch Assist erlaubt, in zwei Teilen gescannte Dokumente bis zum Format A3, zusammenzufügen. Der Scanner arbeitet mit einer weissen LED als Lichtquelle, die keine Aufwärmzeit benötigt.

Der CCD-Sensor hat eine maximale Abtastauflösung von 9600 x 9600 dpi bei Durchlicht- und 4800 x 4800 dpi bei Aufsichtsvorlagen. Auto Document Fix will die  randscharfe Textdarstellung und eine Optimierung von Farbtonwiedergabe und Kontrast sicherstellen.

Die Durchlichteinheit des CanoScan 9000F Mark II ist für jeweils bis zu zwölf Kleinbild-Aufnahmen, vier gerahmte Diapositive oder -negative und auch 120er Rollfilm bis maximal 6 x 22 Zentimeter ausgelegt. Die Bildoptimierung FARE Level 3 (Film Automatic Retouching Enhancement) verspricht durch eine zusätzliche Infrarot-Abtastung gute Scans auch bei Originalen, die durch Staub oder Kratzer, verblasste Farben oder durch Gegenlicht bei der Aufnahme beeinträchtigt sind.

Der CanoScan 9000F Mark II ist zum Preis von CHF 299.- erhältlich.